Als erster Mikroskopanbieter hat Carl Zeiss einen komfortablen Online-Shop für Mikroskope eingerichtet, in dem seit Mai 2001 eingekauft werden kann. Unter der Adresse http://mikro. shopzeiss.de bietet Carl Zeiss Mikroskope sowohl für den Privat- als auch Geschäftskunden an. Den Weg zum passenden Mikroskop findet der Interessent sehr leicht über den Klick auf den Button „Anwendungen“ oder „Produkte“. Zum Angebot gehören Mikroskope für Schule und Kurssaal, Labor und Routine im biomedizinischen Bereich aber auch für Qualitätssicherung, Numismatik, Philatelie und eine Vielzahl anderer Einsatzgebiete.
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